根据《规划》，“十三五”期间，福建省将加快建设主体功能区，统筹陆海空间开发布局。深入实施海峡蓝色经济试验区发展规划和海洋功能区划，着力构建“一带、双核、六湾、多岛”的海洋开发新格局。强化陆海资源、产业、空间规划衔接，推动陆海资源互补、产业互动、协调发展。编制实施海岸带保护与利用规划，实施功能分类管制。建立陆海统筹、区域联动的污染防治和海洋生态环境保护修复机制。

在加快推动产业绿色转型方面，福建将大力发展远洋渔业，拓展海洋离岸养殖，扩大生态养殖，控制近海捕捞和浅海港湾养殖，积极推行增殖放流、封岛栽培。

在全面节约和高效利用能源资源方面，福建将科学开发利用海洋资源。根据海洋资源环境承载力，进一步落实福建省海洋功能区划。加快调整经济结构和产业布局，积极发展海洋战略性新兴产业，严格生态环境评价，提高资源集约节约利用和综合开发水平。开展海洋资源和生态环境综合评估。落实围填海总量控制制度，对围填海面积实行约束性指标管理，实行用海投资强度指标控制。建立自然岸线保有率控制制度，有序开发利用岸线资源，加强重要岸线的战略预留。

在筑牢生态安全屏障方面，福建将加强沙埕港、三都澳、罗源湾等12个沿海重要海湾和河口湿地的保护和修复，建立一批红树林湿地生态保护区，维护天然湿地的重要生态功能，推进滨海湿地固碳示范区建设。加强海洋生态环境保护，开展蓝色海湾整治行动，继续实施“碧海银滩”工程，加强近岸海域典型受损海洋生态系统修复，开展沿海岸线整治和海岛生态恢复，加大重要滨海沙滩保护与恢复力度，建设一批海洋特别保护区及海洋公园。

同时，《规划》提出，福建省将坚持海陆统筹整治近岸海域污染，推进重点海湾入海污染物总量控制试点，2017年年底前全面清理非法或设置不合理的入海排污口。